Nacido en Lituania. Su padre era conde y su madre pertenecia a la alta burguesía Italiana. Presumiblemente es descendiente de Guiliano Besivangue y de Maquiavelo. Posible línea de vizcondes.

A los 6 años de edad, Lecter pudo haber tenido eventos traumáticos de gran intensidad. En esas fechas, Lituania sufre la devastación de la Segunda Guerra Mundial, debido a que colapsa el Frente Este de Europa y los Alemanes atacan Rusia.

Se cree que la familia de Lecter fue víctima de las incursiones alemanas en Lituania. Según la novela de Thomas Harris, Lecter sobrevivió debido a que los soldados alemanes confinaban a los niños para utilizarlos en actos de canibalismo, debido a la escasez de comida en esa zona. Lecter pudo haber sido considerado como tal, pudiendo haber sido descartado. Al parecer, su hermana Mischa Lecter pudo haber sido victimada.

Entre 1970 a 1975, Lecter adquiere el Título de Doctor en Psiquiatría en el estado de Maryland, USA